Αντίθετα με την Suzuki που είχε αφήσει το GSX-R 1000 στην άκρη για εξέλιξη, στην κατηγορία των supersport 600, το μοντέλο που είχε μείνει πίσω ήταν το R6 της Yamaha. Μετά το R1, λοιπόν, αλλά και τα νέα μοντέλα που παρουσίασαν οι υπόλοιποι μεγάλοι κατασκευαστές, η Yamaha έσπευσε να ανανεώσει άμεσα το R6 προκειμένου να παραμείνει ανταγωνιστικό. Για το 2005, το R6 δέχθηκε επιμέρους, αλλά ουσιαστικές, αλλαγές σε κινητήρα και πλαίσιο. Για την ακρίβεια, ο κινητήρας του διαθέτει μεγαλύτερα σώματα ψεκασμού, διαμέτρου 40 χιλ., ενώ η μονάδα διαχείρισης έχει τροποποιηθεί προκειμένου να αντεπεξέλθει στις απαιτήσεις του νέου ψεκασμού.
Επανασχεδιασμένες είναι και οι εισαγωγές του αέρα, ο θάλαμος καύσης έχει διαφορετική κατεργασία, ενώ το βεντιλατέρ έχει καλύτερη απόδοση. Το πλαίσιο διατήρησε την αρχιτεκτονική του, όμως, έχει διαφοροποιηθεί η γωνία κάστερ που αυξήθηκε στις 24,5 μοίρες, όπως και το ίχνος που ανέβηκε στα 95 χιλ. και το μεταξόνιο που πλέον φτάνει τα 1.385 χιλ.
Το νέο πιρούνι έχει διάμετρο 41 χιλ., είναι αντεστραμμένο και φέρει δαγκάνες ακτινικής στήριξης με δίσκους 310 χιλ. Ακτινικής στήριξης είναι και η τρόμπα που υποστηρίζει το μπροστινό φρένο. Η πίσω ανάρτηση είναι επανασχεδιασμένη και διαθέτει διαφορετικό σύστημα μοχλισμού. Το εμπρός ελαστικό φέρει μεγαλύτερο προφίλ για καλύτερο χειρισμό, ενώ το πλάγιο σταντ έχει μεγαλύτερο μήκος.