Eίχε δίκιο τελικά ο Rossi, όταν έλεγε πριν από μέρες, ότι ο φετινός τίτλος στα Moto GP θα κριθεί μεταξύ 4 – τουλάχιστον – αναβατών. Αυτό το επιβεβαίωσε η μεγάλη μάχη που έγινε στον αγώνα του Motegi, όπου και ο Lorenzo κατάφερε να πάρει τη 2η νίκη της καριέρας του πάνω στη σέλα της Yamaha M1 .
Στην εκκίνηση ο Rossi έφυγε πάρα πολύ καλά και κατάφερε να κρατήσει την πρωτοπορία για αρκετούς γύρους, χτίζοντας μάλιστα μια μικρή διαφορά. Πίσω του, ο άτυχος Hayden έπεφτε μόλις στον πρώτο γύρο, μετά από τον «εμβολισμό» του από την μοτοσικλέτα του Ιάπωνα Τakahashi ενώ στην κορυφή σχηματιζόταν ένα «τρενάκι» πίσω από τον Ιταλό άσσο. Εκεί οι θέσεις εναλλάσσονταν συνεχώς ανάμεσα στους Lorenzo, Vermeulen, Pedrosa και Dovizioso, Ο Vermuelen όμως έμεινε γρήγορα πίσω και λίγο αργότερα τον έφτασε ο Stoner. Ο Αυστραλός με τη Ducati δεν ξεκίνησε καθόλου καλά (είχε τη δεύτερη θέση στην εκκίνηση) αλλά σταδιακά ανέβασε ρυθμό και έφθασε το γκουπ των πρωτοπόρων.
O Lorenzo εν τω μεταξύ είχε ήδη φθάσει στον πίσω τροχό του Rossi και τον πέρασε άνετα, χτίζοντας μάλιστα και διαφορά πάνω από 1,5 δευτερόλεπτα. Ο Rossi δεν έδειξε ότι μπορεί να κυνηγήσει τον νεαρό Ισπανό ενώ είχε να αντιμετωπίσει και άλλα προβλήματα από έναν άλλο μεγάλο Ισπανό μαχητή, τον Dani Pedrosa. O τραυματίας αναβάτης της Honda επέδειξε ότι διαθέτει πολλές δυνάμεις και ψυχικό σθένος, οδηγώντας ταχύτατα και μάλιστα προσπέρασε τον Rossi, μην αντέχοντας όμως αργότερα να μείνει μπροστά από τον Ιταλό για πολύ ώρα. Τελικά ο Pedrosa κατάφερε να μείνει 3ος και να ανέβει στο βάθρο, κάτι που αποτελεί μεγάλο επίτευγμα για τον Ισπανό λόγω της επιβαρημένης κατάστασης του από τον τραυματισμό του.
Στις δύο πρώτες θέσεις έμειναν τα δύο Yamaha, με τον Rossi να εξαπολύει επίθεση στους 5 τελευταίους γύρους και να μειώνει τη διαφορά του από τον Lorenzo, χωρίς όμως να μπορέσει να τον φτάσει. Tην 4η θέση κατέκτησε ο Stoner (Ducati), ο οποίος έκανε πάρα πολύ γρήγορους χρόνους στο δεύτερο μισό του αγώνα και κατάφερε να αφήσει 5ο τον Dovizioso με την έτερη Repsol Honda.
Η μεγάλη έκπληξη του αγώνα ήταν όμως ο Marco Melandri, ο οποίος με μία μοτοσικλέτα που γνωρίζει ελάχιστα (Kawasaki) και δίχως εργοστασιακή υποστήριξη, κατάφερε να διεκδικήσει ακόμη είσοδό του στο βάθρο στους πρώτους γύρους για να μείνει τελικά λίγο πιο πίσω και να πάρει με το σπαθί του μια παλικαρίσια 6η θέση.
Τα αποτελέσματα του αγώνα έχουν ως εξής:
1 ( 99 ) Jorge LORENZO YAMAHA 43′47.238
2 ( 46 ) Valentino ROSSI YAMAHA 43′48.542 (+1.304)
3 ( 3 ) Dani PEDROSA HONDA 43′51.001 (+3.763)
4 ( 27 ) Casey STONER DUCATI 43′52.929 (+5.691)
5 ( 4 ) Andrea DOVIZIOSO HONDA 43′56.445 (+9.207)
6 ( 33 ) Marco MELANDRI KAWASAKI 44′17.793 (+30.555)
7 ( 65 ) Loris CAPIROSSI SUZUKI 44′19.994 (+32.756)
8 ( 36 ) Mika KALLIO DUCATI 44′26.654 (+39.416)
9 ( 52 ) James TOSELAND YAMAHA 44′30.344 (+43.106)
10 ( 7 ) Chris VERMEULEN SUZUKI 44′30.483 (+43.245)
11 ( 14 ) Randy DE PUNIET HONDA 44′32.072 (+44.834)
12 ( 5 ) Colin EDWARDS YAMAHA 44′33.778 (+46.540)
13 ( 15 ) Alex DE ANGELIS HONDA 44′40.763 (+53.525)
14 ( 88 ) Niccolo CANEPA DUCATI 45′09.042 (+1′21.804)
15 ( 24 ) Toni ELIAS HONDA 44′25.681 (+1Γύρος)
69 Nicky HAYDEN DUCATI Πτώση χωρίς να ολοκληρώσει γύρο
72 Yuki TAKAHASHI HONDA Πτώση χωρίς να ολοκληρώσει γύρο
Η βαθμολογία μετά την ολοκλήρωση του δεύτερου αγώνα του πρωταθλήματος, διαμορφώνεται ως εξής:
1 Jorge LORENZO ( SPA ) Fiat Yamaha Team 41
2 Valentino ROSSI ( ITA ) Fiat Yamaha Team 40
3 Casey STONER ( AUS ) Ducati Marlboro Team 38
4 Andrea DOVIZIOSO ( ITA ) Repsol Honda Team 22
5 Dani PEDROSA ( SPA ) Repsol Honda Team 21
6 Colin EDWARDS ( USA ) Monster Yamaha Tech 3 17
7 Mika KALLIO ( FIN ) Pramac Racing 16
8 Chris VERMEULEN ( AUS ) Rizla Suzuki MotoGP 15
9 Alex DE ANGELIS ( RSM ) San Carlo Honda Gresini 13
10 Marco MELANDRI ( ITA ) Hayate Racing Team 12
11 Randy DE PUNIET ( FRA ) LCR Honda MotoGP 11
12 Loris CAPIROSSI ( ITA ) Rizla Suzuki MotoGP 9
13 Toni ELIAS ( SPA ) San Carlo Honda Gresini 8
14 James TOSELAND ( GBR ) Monster Yamaha Tech 3 7
15 Nicky HAYDEN ( USA ) Ducati Marlboro Team 4
16 Sete GIBERNAU ( SPA ) Grupo Francisco Hernando 3
17 Niccolo CANEPA ( ITA ) Pramac Racing 2
18 Yuki TAKAHASHI ( JPN ) Scot Racing Team MotoGP 1