Οι μοναδικές αλλαγές στο σύστημα πέδησης, μεταξύ των δύο μοντέλων εντοπίζονται στο S2 που διαθέτει τετραέμβολές, μονομπλόκ δαγκάνες εμπρός.
Τα φρένα του απλού FZ6 / Fazer παρέμειναν ίδια. Οι δύο δίσκοι εμπρός είναι στα 298 χιλ. και συνεργάζονται με δαγκάνα 2 εμβόλων και γλιστρά. Το S2 διατηρώντας την ίδια διάμετρο στους δίσκους έχουν διαφορά στις εμπρός δαγκάνες που είναι τετραέμβολες. Μάλιστα η Yamaha επίκαιρη, εξόπλισε το S2 με μονομπλόκ δαγκάνες! Στο πίσω σύστημα πέδησης και στα δύο μοντέλα υπάρχει ταύτιση, με δίσκο 245 χιλ. και δαγκάνα 2 εμβόλων. Το σύστημα πέδησης του απλού FZ6 διαθέτει άριστη αίσθηση και ο οδηγός γρήγορα θα το εμπιστευτεί. Στην εθνική και με το κοντέρ ‘’φορτωμένο’’ χιλιόμετρα υπάρχει μια μικρή αδυναμία όπως και μια μικρή πτώση της απόδοσης στην συνεχή χρήση τους. Τα φρένα του S2 αν και όπως ήδη αναφέραμε δεν είχαμε την ευκαιρία να τα πιέσουμε αν και σε μια πρώτη επαφή μαζί τους υστερούσανε σε σχέση με το παλιό μοντέλο στο τομέα της αίσθησης.