Ο κινητήρας με τον οποίο εξοπλίζεται το Honda SH 350i είναι ο γνωστός πλέον eSP+ που συνδυάζει άριστα περιβαλλοντικά χαρακτηριστικά με υψηλή ιπποδύναμη, χάρη στην εφαρμογή τεχνολογιών μείωσης τριβών.
Είναι υδρόψυκτος, μονοκύλινδρος με μονό εκκεντροφόρο επικεφαλής και 4 βαλβίδες, αποδίδει ισχύ 29,5 ίππων στις 7.500 σ.α.λ. με μέγιστη ροπή 3,2 kg-m στις 5.250 σ.α.λ. ενώ συμμορφώνεται πλήρως με τους κανονισμούς Euro5+.