Το πλαίσιο του MT-09 αποτελεί μια μοντέρνα εκδοχή του εμβληματικού για τη Yamaha πλαισίου Deltabox. Κατασκευάζεται από αλουμίνιο CF και πετυχαίνει το στόχο που είχε θέσει η ιαπωνική εταιρεία, δηλαδή να προσφέρει την απαραίτητη ακαμψία και σταθερότητα, χωρίς όμως να χάνει στον τομέα της ευελιξίας.
Πλήρως ρυθμιζόμενο ανεστραμμένο τηλεσκοπικό πιρούνι 41mm από την Kayaba μπροστά, με διαδρομή 130mm.