Ο κινητήρας του CBR 650R E-Clutch, είναι ο γνωστός δεκαεξαβάλβιδος, τετρακύλινδρος εν σειρά 649cc,με δύο επικεφαλής εκκεντροφόρους
Το γκάζι ρυθμίζεται με σύστημα Ride by Wire με την αίσθηση του να είναι τόσο φυσική σαν να έχει ντίζα.
Η μικτή κατανάλωσή του είναι αρκετά καλή για ένα 650άρι τετρακύλινδρο μοτέρ, αφού στην δοκιμή μας έκαψε 5,5λ/100χλμ